《神位纷争》的故事发生在末日余生的学园都市拉格纳。在这里，"s.p.e.C"（特异者）们获得了与各文明的古神有着巧合与联系的"神话武装"的力量。为了帕提亚福音学院、瓦尔哈拉综合学校、拉格纳学园联盟三大势力各自的目的，参与"神位战争"。
三大阵营
帕提亚福音学院
“我又看见一个新天地，先前的天地已经过去。神之光耀将覆盖世界，生命泉水无穷无尽。”
诺伊教派曾经是世界上信奉女神的最大教派之一，信众众多。末日之后被拯救的人类中有相当一部分是诺伊教派的信徒，他们其中有些人目睹女神陨落彻底失去信仰，但也很有很大一部分人坚信女神会如《末世录》中所述，重新复活。他们再度于拉格纳上建立了自己的宗教势力，管理诺伊教派的权力机关被称为“欧布洛斯”。“欧布洛斯”的领导人为信众推选出来的大主教，执行机关为下属执行骑士团“赤曦骑士团”，管理整个教会从军事到内政等各项事务。
帕提亚福音神学院为直属于欧布洛斯的教会学校，校内事务直接由“赤曦骑士团”管理。学院内大多数学生和教职人员来自于信众家庭和末日之时失去容身之所的人们，除了学习之外，他们同时在神学院中生活。神学院秉承对神的敬仰，实行严格的宗教教育，校内设有整个拉格纳最大的教堂“圣伯禄大教堂”。师生们都遵从教会的教导，校服为修女服和牧师袍。神位战争开启后，大部分觉醒的特异者都为神学院的学生和教职人员，少部分非神学院人员也会被招募到神学院，统一进行学习和管理。
诺伊教派和神学院的标志为象征女神的道标与十字。
拉格纳联盟
“让我们面对现实，让我们忠于理想。让世界改变你，然后由你改变世界。”看上去就很穷很村
消陨之日后，大部分民众失去了对女神的信仰，改而追随末日之战的无名英雄。末日之神降临的第一天，手执天之刃横空出世的英雄，拯救了许多人类，并将之带到了女神的结界中。之后，他带领平民们脱离诺亚教派的控制，成立了拉格纳联盟。虽然他本身并非是特异者，但联盟仍将他视为核心，也视为大陆上平等的代言人。
联盟人口众多，多数从事渔业，农业与采矿业，大部分物资用于联盟的运作，少数会用于同其它两势力的交易。联盟提倡人人平等，反对神权专治，在神位战争开启后，也仍旧相信这是一个人将成为神，神将权利还给人类的信号。
学园联盟是拉格纳联盟的学校总称，由多个平民学校组成。因为联盟人数众多，学校分布比较分散，在开启神位战争后，联盟决定将特异者集合起来进行训练和活动。学园联盟崇尚轻松的教育氛围，注重人际关系与道德的培养，校服多水手服和学兰服。他们将来一般都会自由地从事自己想从事的职业。联盟提倡人人平等，反对神权专治，在神位战争开启后，联盟相信这是神将权利还给人类的信号，于是积极鼓励学生参战，目的是证明神本质上是人，是平等的存在。
瓦尔哈拉综合学校
“我将右眼献给和平、正义与完整无缺的太阳，将左眼献给善辨、思考与有缺损的月亮。”搞事的富二代
瓦尔哈拉由原来世界的知识分子、政要、企业家等精英组成，他们其中有的信仰女神，有的则不。女神消陨之日后，他们迅速与政府联手，建立起了经济、法律与工业体系，占据了大量的财富。欧布洛斯架空政府，平民与神权对立后，这部分商人、科学家与知识分子等精英阶级从联盟与教派中独立出来，并且以灵脉丰富的叹息之丘为据点，自行开发研究各种科技，尽最大可能保存自己的实力。
瓦尔哈拉自身拥有精英武装宪兵队，宪兵队分成许多不同的职能部队，基础部队大多用以维护民间治安，少数精英组成的最高部队名为“捷斯提亚”，他们负责特殊任务，比如探索白塔、收集情报等等，据说有些特异者也被招入了“捷斯提亚”，不知用意何在……
瓦尔哈拉综合学校由瓦尔哈拉的大财团们联合创立，只要在瓦尔哈拉的机构中工作的家族子女都可以进入综合学校进行学习和生活。瓦尔哈拉崇尚精英教育，校风严谨，注重个人能力与知识的培养，校服为精致的礼服或者西装，在校学生需通过各种考核才能进入瓦尔哈拉的各个机关进行工作。神位战争开启后，瓦拉哈尔响应白塔的信息，积极筹备神位战争，但整体对特异者的参战抱着消极的态度。
瓦尔哈拉的标志为象征守护之盾与观察者之眼。
